La récolte du fonio est un moment très attendu par les populations locales dont les réserves alimentaires sont épuisées à cette période de l'hivernage. La moisson est faite à la faucille par les hommes. Les tiges coupées sont ensuite assemblées par les femmes en petites gerbes de 1 à 3 kg puis transportées dans des corbeilles et mises à l'abri près des habitations pour les protéger de pluies éventuelles.

Le battage : à proximité des habitations, les aires de battage sont parfois recouvertes de nattes ou de bâches plastiques. Le battage manuel est réalisé à l’aide de fléaux ou de bâtons ou encore par foulage au pied.

Le vannage : après le battage, les grandes pailles sont récupérées manuellement et servent le plus souvent à l’alimentation du bétail. Le mélange grains – menues pailles qui reste sur l’aire de battage est ensuite récupéré dans des paniers tressés grossièrement qui jouent le rôle de tamis et permettent de séparer les impuretés grossières et le grain. Un dernier nettoyage est ensuite réalisé à l’aide de vans ou de tamis. Ces tâches de prénettoyage et de vannage sont souvent réalisées par les femmes ou les personnes âgées.

Dans le cas du fonio Ethiquable du Mali, les grains sont ensuite lavés pour enlever les impuretés, puis précuits à la vapeur et enfin déshydratés grâce à l'énergie solaire disponible en grande quantité au Mali.

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